DiCOSApp - SaaS虛擬計算服務

DiCOSAPP 服務簡介

DiCOSApp 是一個基於網頁的 SaaS（Software as a Service，軟體即服務）雲端運算服務。
本指南將協助您了解如何存取此服務、管理您的運算資源。

使用 DiCOSApp

登入 DiCOS 入口網站後，切換至DiCOSAPP服務頁面，即可瀏覽並啟動服務。

如下圖所示，每個 DiCOSApp 都會標示其提供的軟體以及可用的運算資源，
您可以依據目前研究的需求，選擇適合的 DiCOSApp 來啟動。

  • 啟動與管理步驟

    1. 啟動服務：挑選好適合的 App 後，點擊 Launch 按鈕
    2. 選擇設定：請依據您的研究需求，選擇使用期限（2 hours、3 Days、7 Days、10 Days）
    3. 建立實例：確認後送出，系統便會自動為您配置並啟動對應的DiCOSAPP
    4. 開始使用：點擊Open按鈕，即可開始使用
    5. 結束與釋放資源：若使用完畢，請回到DiCOSAPP服務頁面按Delete刪除已開啟的DiCOSAPP，將資源釋放

DiCOSApp 資料管理

  • 儲存空間

    於DiCOSAPP中使用者可使用儲存空間分為以下幾種：

    儲存空間類型 空間特性與安全建議 App 內常見對應路徑
    家目錄
    Home Space
    • 使用者登入後的預設目錄。
    • 此為暫存性空間，重要資料請務必定期下載或備份至群組空間。
    • /dicos_ui_home/<DiCOS 帳號>
    • /dicos_ui_home/<DiCOS 帳號>/data
    • ~/data/
    • $HOME/data
    群組空間
    Group Space
    • 同一研究群組成員的共享空間。
    • 為提交運算工作時的預設工作目錄。
    • 由群組負責人擁有完整權限並負責管理。
    • /ceph/work/<您的群組名稱>
    • /ceph/sharedfs/work/<您的群組名稱>
    • /dicos_ui_home/<DiCOS 帳號>/sharedfs/work/<您的群組名稱>
    CryoEM 群組空間
    (僅限 CryoEM 使用者)
    • 專供 CryoEM 計畫與相關團隊成員使用的專屬儲存空間。
    • /activeEM/
    • ~/activeEM

  • 資料傳輸端點（Data Transfer Endpoint）

    建議透過以下端點使用 FileZilla 或其他 SFTP 用戶端進行資料傳輸：

    • slurm-ui.twgrid.org
    • dicos-sftp.twgrid.org

    詳細說明請參考 資料管理

還原您的 DiCOSApp

當系統發生非預期故障或排定維護停機時，您開啟的 DiCOSApp 可能會遺失。
若需重新執行，請依照以下步驟操作：

  1. 前往 DiCOSApp 頁面，確認目前是否有已啟動的 DiCOSApp。
  2. 若有已開啟的 DiCOSApp，請點擊 Delete 按鈕將其刪除。
    dicosapp_downtime_1.png
  3. 開啟新的DiCOSApp
    dicosapp_downtime_2.png

資源介紹

  • CryoEM Specific APPs

    APP name CPU cores GPU Memory SSD
    CisTEM 32 0 100GB no
    RELION4 16 4 (RTX 3090) 380GB yes
    RELION5 16 4 (RTX 3090) 380GB yes
    CisTEM-cluster 40 per job, max to 600 0 256GB ~ 3840GB no
    CryoSPARC
    (no longer up2date)    		 16 1 (1080Ti) 380GB yes

  • Jupyter Notebooks

    APP name CPU coures GPU Memory SSD
    JupyterLab(CPU) 12 0 64GB yes
    JupyterLab(GPU) 12 1 (P100) 128GB yes

  • RELION Job Configuration

    Q1.目前 RELION APP 建議使用多少 MPI 與 Thread 數量？

    A1.
    包含使用 GPU 加速的運算流程（GPU-accelerated process）

    GPU Recommended MPI Recommended Threads
    P100 5 4
    RTX 3090 3 2
    RTX 4090 3 2

    Q2.如果 RELION 發生錯誤該怎麼辦？
    A2.
    RELION 通常相當穩定。若發生錯誤，常見原因如下：

    問題類型 建議處理方式
    記憶體或運算資源不足 先降低 Thread數量，若問題仍然存在，再降低 MPI。
    輸入檔案有問題 檢查 RELION 的 log 檔，找出 log 中指出有問題的檔案，修正或移除該檔案後重新執行。

    通常即可解決此類錯誤。

特定軟體安裝需求

如果您對應用程式（Application）的安裝有特殊需求，
請聯繫 DiCOS 技術支援團隊 DiCOS-Support@twgrid.org，我們將協助評估並提供相關安裝支援。

最後更新：2026年6月

📬 聯絡我們
Email：DiCOS-Support@twgrid.org
電話：02-2789-8313（週一至週五 09:00–17:00）